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马骏教授从事鼻咽癌临床诊治研究35年，围绕着鼻咽癌诊疗中的关键问题进行了深入系统的研究，将鼻咽癌患者的5年总生存率由60%提到84%，达到世界领先水平。

他的4项研究成果被世界通用的AJCC/UICC分期采纳，从而减少了误诊误治;他提出了个体化的放疗范围和剂量标准，并系统地建立了放疗与化学治疗结合的新型模式，提高了晚期患者生存率。使中国的鼻咽癌临床研究由“跟跑者”变成“领跑者”。 研究以最后通讯身份发表于NEJM、Lancet、Lancet Oncology (4篇)、JCO、BMJ、JAMA Oncology (2篇)等。

马骏教授以第一完成人身份荣获国家科技进步二等奖2项（2009/2015），中华医学科技一等奖2项（2007、2014）。其团队入选“教育部创新团队”和“科技部重点领域创新团队”。为鼻咽癌专业委员会首任主任委员、中国抗癌协会鼻咽癌专业委员会候任主委。