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李兆申院士是消化病学专家，长期从事消化系统药物和器械的临床研究，坚持自主创新，成果显著。

药物临床研究：牵头建成国家重大新药创制消化系统药物GCP平台，先后完成药物临床研究39项，其中国内1.1类创新药5项，国际多中心药物临床试验5项；国内首次建立质子泵抑制剂药代动力学与药效学评价相结合评价方法，明确我国人群CYP2C19快代谢型比例约10%。

医疗器械临床研究：合作研制成功遥控胶囊胃镜系统，并牵头临床研究，证明磁控胶囊内镜与传统胃镜相比诊断准确率达93.4%，有望成为胃癌筛查新方法。近年来，李兆申院士共牵头完成临床研究40余项，共发表临床研究SCI论文87篇，最高IF 13.9。以第一完成人获国家科技进步二等奖4项，获何梁何利科技进步奖。主持国家科技支撑计划等项目30余项。